WaterPuzzleの遊び方は人それぞれ。ただ触れるだけで、分子同士が"引き合う"または"反発する"感触を子供から大人まで楽しむことができます。
　分子模型に組み込まれたネオジム磁石で水素結合が再現されているので、誰でも簡単に氷の結晶構造を組み上げていくことができます。また、水をはったバケツに分子模型を投げ入れていくと、分子が水素結合のネットワークを作っていく様子を観察することができます。「なぜ氷は水に浮くのか？」といった素朴な疑問にも答えることができるでしょう。